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제1장’08.고병원성조류인플루엔자발생개요
기서열 데이터베이스로부터 수집하였으며, 분석대상은 871개의 HA 유전자 염
기서열을 비교 서열 통계학적 분석이 가능하도록 HA 유전자염기서열(최소
1,600nt 이상) 거의 전체가 있는 경우로 제한하였다. 총 871개의 HA 유전자 염기
서열을 확보하여 ClustalW(www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2)을 이용하여 다중 비교
분석하였으며, 최종 비교 분석된 염기서열의 길이는 1,707nt이었다. 분석된 자료 중
염기서열의 유사성이 100%로 확인된 분리주는 분석대상에서 제외한 결과, 총
859개 분리주에 대한 유전자 염기서열을 최종 비교하였다.
3) 클라드의 분류기준
클라드의 분류는 아래 표(클라드 명명에 사용된 기준)와 같이 몇 가지 기준에
따라 합리적으로 이루어졌으며, 각 그룹은 클라드 번호를 사용하여 구분하였다.
이러한 기준을 이용하여 유전자 수형도상으로 근연도가 유사한 10개의 큰 가지가
만들어졌으며, 이를 10개의 클라드로 할당하였다.
순번
기
준
기 명명된 클라드 번호는 가능한 그대로 유지한다.
1
예) clade2.2와 1은 각각 2.2와 1로 그대로 유지한다.
새로운 클라드는 모든 확보가능한 염기서열정보로부터 도출된 유전자 수형지도의
위치에 근거하여 명명한다
- 원조 H5N1 분리주들(Gs/Guangdong/1/96와 밀접한)은 clade0로 명명
- 일련의 클라드번호는 clade3부터 시작한다(예, 3-9)
2.
- 클라드는 최소 4개의 분리주가 포함된 분절(in a monophyletic group)에 대하여
명명한다
- 어떤 클라드 내에 1개 이상의 구별되는 별도계열이 있을 경우에는 추가로 세분한다
(예, clade 2.2 또는 clade 2.3.1 등)
클라드내 또는 클라드간 양방향 거리를 평균 백분율로 나타내었을 때
(Kimura 2-parameter를 사용)
3
- 구분된 클라드는 다른 클라드들과 1.5% 이상 거리가 있어야 한다
- 아들들
클라드를 한정짓는 분절(node)의 bootstrap(based on 1,000 neighbor-joining
4
bootstrap replicates)은 60% 이상
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