총 954페이지
275페이지 본문시작
로 하는 분석법의 단점을 보완함으로써 chromosomal
DNA
에 대한 접근에
새로운 혁명적인 진
전을 가져오게 되었다(3,4,11,14,15 17).
～
즉 기존의 분석법이 피펫팅 과정이나
phenol
추출방식 등의 과정을 거치면서
DNA
에
기계적 및 물리적 절단력
(shearing force)
은 가할 수밖에 없기 때문에 통상의 방법으로
,
500 kb
이상의
DNA
를 다루기는 불가능하다 이를 해결하기 위해
.
agarose gel
내에 세균
을 심어서 염색체
DNA
이외의 기타 성분들은 확산현상
(diffusion)
을 통하여 제거시킬 수
있었고, 그 결과
DNA
분자에는 영향을 미치지 않고서도
cell wall
을 제거하고 불필요한
protein
성분과 지질성분 등을 효과적으로 제거하여 순수한
DNA
만을 획득할 수 있었으며
,
chromosomal
DNA
를
RCRE
를 처리하여 부분적으로 절단도 가능하게 되었다 이렇게
.
준비된 표본은 대단히 안정하여 심지어 수년간의 저장에서도 거의 변성이 없다고 알려져
있다(3,11,13 15).
～
본 연구에 사용된
PFGE
장비는 일반적으로 널리 쓰이는
Clamped Homogeneous
Electric Field Electrophoresis
방식의
CHEF mapper XA system(Bio-Rad, USA)
이
었으며 이 분야에서는 가장 발달된 장비로 알려져 있다
. CHEF
방식의 가장 큰 장점은
많은 수의
DNA
표본을 마치 일반적인 전기영동 성적처럼 직선상으로 해독할 수 있다는
것이다.
한편 세균의
chromosomal DNA
를 제한효소를 사용해 큼직 큼직하게 잘라 그 잘려진
양상을 살펴보는 것이
PFGE
분석의 기본개념이기 때문에
PFGE
를 수행할 경우 각 균
종에 적합한 제한효소를 선발하는 것이 무엇보다도 중요하며 선행되어야 한다(3, 11).
Salmonella 속균의
Kaufmann
과
Pitt (11)
는
genomic DNA
에
(G+C) %
보다는
(A+T) %
가 상대적으로 높기 때문에 제한효소의 선발에 있어서
G+C rich enzyme
을 선발하는 것
이 기본이라 하였으나 장내세균들은 장내세균의 염색체
DNA
에 매우 드물게 존재하는 제
한 효소 인식
site
에 대응하는
XbaI(TCTAGA), Spe
I(ACTAGT)
및
Bln
I(CCTAGG)
등을
주로 사용하는 경향이며
(4, 7, 13 18)
～
현재 가장 광범위한 분야에까지 활용되고 실용화
단계에까지 이른 미국의 PulseNet(National molecular subtyping network for
Xba 을
Salmonella 속균의 분석에
foodborne diseases surveillance)
의 표준매뉴얼에도
I
사용하도록 하고 있다.
PFGE
결과 분석 시 전개된 밴드의 양상을 육안으로 분석하기는 어려우며 수많은 결과들을
데이터베이스화하기 위해서는 컴퓨터에서 운용할 수 있는 전문 분석프로그램의 사용이
필수적이다 본 연구에서는
.
23
주의
S. pullorum 균주들에 대하여
PFGE
를 수행한 성적을 전
문분석 프로그램인
Bio-1D++ software
로서 균주간의 관련성을 분석하였으며 주관성을 배제
시키고 통계학적인 방법에 근거하여 신뢰성 있게 분석하고자
, DI
값을 산출
하여
DI=0.917
의 상
당히 신뢰도 높은 성적이 산출되었으나 다른 분석프로그램인
Gelcompar II software
를 적용하여
동일한 분석방법으로
DI
값을 산출하여
DI=0.902
의 다소 낮은 성적을 획득하였다
.
따라서 동일한
DNA profiles
이지만 분석프로그램의 종류에 따라 최종적인 분석결과에 있어
서는 다소간에 차이가 있는 것을 알 수 있었으며 두 전문 분석프로그램을 굳이 비교하자면
GelCompar II
프로그램이
Bio-1D
프로그램보다는 사용자의 의도에 따른 용이한
취급성과
DNA
에 대한 접근에
새로운 혁명적인 진
전을 가져오게 되었다(3,4,11,14,15 17).
～
즉 기존의 분석법이 피펫팅 과정이나
phenol
추출방식 등의 과정을 거치면서
DNA
에
기계적 및 물리적 절단력
(shearing force)
은 가할 수밖에 없기 때문에 통상의 방법으로
,
500 kb
이상의
DNA
를 다루기는 불가능하다 이를 해결하기 위해
.
agarose gel
내에 세균
을 심어서 염색체
DNA
이외의 기타 성분들은 확산현상
(diffusion)
을 통하여 제거시킬 수
있었고, 그 결과
DNA
분자에는 영향을 미치지 않고서도
cell wall
을 제거하고 불필요한
protein
성분과 지질성분 등을 효과적으로 제거하여 순수한
DNA
만을 획득할 수 있었으며
,
chromosomal
DNA
를
RCRE
를 처리하여 부분적으로 절단도 가능하게 되었다 이렇게
.
준비된 표본은 대단히 안정하여 심지어 수년간의 저장에서도 거의 변성이 없다고 알려져
있다(3,11,13 15).
～
본 연구에 사용된
PFGE
장비는 일반적으로 널리 쓰이는
Clamped Homogeneous
Electric Field Electrophoresis
방식의
CHEF mapper XA system(Bio-Rad, USA)
이
었으며 이 분야에서는 가장 발달된 장비로 알려져 있다
. CHEF
방식의 가장 큰 장점은
많은 수의
DNA
표본을 마치 일반적인 전기영동 성적처럼 직선상으로 해독할 수 있다는
것이다.
한편 세균의
chromosomal DNA
를 제한효소를 사용해 큼직 큼직하게 잘라 그 잘려진
양상을 살펴보는 것이
PFGE
분석의 기본개념이기 때문에
PFGE
를 수행할 경우 각 균
종에 적합한 제한효소를 선발하는 것이 무엇보다도 중요하며 선행되어야 한다(3, 11).
Salmonella 속균의
Kaufmann
과
Pitt (11)
는
genomic DNA
에
(G+C) %
보다는
(A+T) %
가 상대적으로 높기 때문에 제한효소의 선발에 있어서
G+C rich enzyme
을 선발하는 것
이 기본이라 하였으나 장내세균들은 장내세균의 염색체
DNA
에 매우 드물게 존재하는 제
한 효소 인식
site
에 대응하는
XbaI(TCTAGA), Spe
I(ACTAGT)
및
Bln
I(CCTAGG)
등을
주로 사용하는 경향이며
(4, 7, 13 18)
～
현재 가장 광범위한 분야에까지 활용되고 실용화
단계에까지 이른 미국의 PulseNet(National molecular subtyping network for
Xba 을
Salmonella 속균의 분석에
foodborne diseases surveillance)
의 표준매뉴얼에도
I
사용하도록 하고 있다.
PFGE
결과 분석 시 전개된 밴드의 양상을 육안으로 분석하기는 어려우며 수많은 결과들을
데이터베이스화하기 위해서는 컴퓨터에서 운용할 수 있는 전문 분석프로그램의 사용이
필수적이다 본 연구에서는
.
23
주의
S. pullorum 균주들에 대하여
PFGE
를 수행한 성적을 전
문분석 프로그램인
Bio-1D++ software
로서 균주간의 관련성을 분석하였으며 주관성을 배제
시키고 통계학적인 방법에 근거하여 신뢰성 있게 분석하고자
, DI
값을 산출
하여
DI=0.917
의 상
당히 신뢰도 높은 성적이 산출되었으나 다른 분석프로그램인
Gelcompar II software
를 적용하여
동일한 분석방법으로
DI
값을 산출하여
DI=0.902
의 다소 낮은 성적을 획득하였다
.
따라서 동일한
DNA profiles
이지만 분석프로그램의 종류에 따라 최종적인 분석결과에 있어
서는 다소간에 차이가 있는 것을 알 수 있었으며 두 전문 분석프로그램을 굳이 비교하자면
GelCompar II
프로그램이
Bio-1D
프로그램보다는 사용자의 의도에 따른 용이한
취급성과
275페이지 본문끝
메뉴
현재 포커스의 아래내용들은 동일한 컨텐츠를 가지고 페이지넘김 효과및 시각적 효과를 제공하는 페이지이므로 스크린리더 사용자는 여기까지만 낭독하시고 위의 페이지이동 링크를 사용하여 다음페이지로 이동하시기 바랍니다.