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정원의 직렬과 과장의 직급이 조정(기좌?수의관보)되었으며 곧이어 각령 제189호
(1961.10.2)로 소장 이외에 수의관보, 행정주사, 수의사, 수의사보를 두었다.
다음해 각령 제757호(1962.5.15)호로 기관명칭을 부산가축검역소에서 동물검역소로
변경하여 사용하기 시작하였으며 그 위치 또한 가축위생연구소가 안양으로 이전함에
따라 그 시설을 인수하여 현재의 영남지원 자리(부산시 서구 암남동)로 1962.2.21일
이전하게 되었으며, 서울공항을 통하여 개 등 애완동물의 수입증가에 대비하여
잠정적 조치로 경기도 가축위생시험소(서울시 종로구 세종로 79의 1번지)의 동물사
일부를 무상 임대하여 사용한 바도 있었으나, 검역물이 점차 증가함에 따라 각령
제1489호(1963.9.3)로 서울지소(영등포구 양평동) 신설을 보게 되어 국립동물검역소의
조직 및 기구 확대와 위상이 제고되었다.
5.16 군사혁명 후 군사정부에 의해 강력히 추진된 경제개발 계획으로 수출입
물량이 늘어나고 체제도 정비되어 대통령령 제2730호(1966.8.29)로 종래 별도 대통령
령으로 규정한 정원을 직제에 통합 규정하여 정원을 20인(3~5급 : 17인, 기능직 :
3인)을 두도록 하였으며 제주공항이 국제공항으로 승격되면서 제주지소가 대통령령
제3596호(1968.9.24)로 제주지소(제주시 건입동)가 신설되어 제주공항으로 수출입
되는 검역업무를 관장하기 위하여 10인이 증원되었다.
동년 11월에는 영등포구 양평동에 위치한 서울지소의 청사를 이전 확장하기 위하여
영등포구 등촌동 산 23-4번지에 있는 산림청 소유임야 27,000㎡를 무상 임대하여
지소확장 이전 기본구축에 들어갔으며 1969.12.23일에는 축산물보관창고, 육추실,
돈사 등의 건물에 대한 준공을 하게 되었다.
인천항 제2독크 공사완료와 때를 같이하여 인천지소(대통령령 제7155호, 1974.5.16)가
인천시 중구 항동에 개설하였다.
군산항이 국제항으로 됨에 따라 군산지소(대통령령 제9613호, 1978.8.16)설치와
도입우 검역에 따른 외국의 검역제도 조사연구 인력 등이 충원되었으며 다음해
대통령령 제9613호(1979.9.10)로 부산지소가 설되었다. 1986년 UR협상과 더불어 상부
중앙부서와 연락체계를 신속히 하고 국제검역변화 추세에 능동적으로 대응하기
위하여 국립동물검역소 본소의 이전(부산?서울)이 대통령령 제12234호(1987.8.14)로
결실을 보아 1988.1.1일자로 그 당시 서울지소 자리인 서울시 강서구 등촌동으로
이전하게 되었고 인력 또한 증원되어 국제화에 대비하게 되었다. 국민소득이 향상
됨에 따라 보건위생에 대한 관심고조와 수입 농축산물의 인체 유해유무에 대한
여론비등 및 UR협상 진전에 따른 수입개방화 추세에 국내 양축농가 보호는 물론
국제 경쟁력 제고를 위하여 대통령령 제12954호(1990.3.20)로 정밀검사과와 국제
검역과를 신설하는 조직 확대와 소요인력 40명을 대폭 증원하여 수입개방화에 대비한
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